02ストーリー解説
第壱話のラストを受け、初号機は地上へ射出される。碇シンジは強烈な重圧の中でかろうじて一歩を踏み出すが、すぐに前のめりに転倒してしまう。動けないエヴァに対し、第3使徒サキエルが容赦なく接近し、初号機の頭部をつかみ上げて襲いかかる。第3新東京市のビル街を舞台に、最初の白兵戦が始まる。
サキエルは初号機の左腕を握り、骨を折るように後方へ激しくねじ曲げる。シナプス接続により、シンジはエヴァの痛みを自分の腕の激痛として感じ取り、絶叫する。さらに使徒は手から伸ばした光の槍（エネルギーの杭）を初号機の眼・頭部へ何度も突き刺し、装甲を貫いて頭部を破壊する。シンジの悲鳴がエントリープラグに響く。
頭部を貫かれた初号機はビルへ叩きつけられて沈黙し、シンクロは断たれてシンジは意識を失う。NERV本部のモニターでは初号機が活動を停止したと表示され、ミサトやリツコ、オペレーターたちは絶望の表情で立ち尽くす。勝機は完全に絶たれたかに見え、本部は重い沈黙に包まれる。
ところが、パイロットが気を失ったまま、初号機が突如として自らの意志であるかのように再起動する。眼が爛々と光り、人ならぬ咆哮を上げて立ち上がる——後に「暴走」と呼ばれる現象の最初の発現である。計器上はエネルギー供給が断たれているにもかかわらず、エヴァは野獣のように動き出し、サキエルへ襲いかかる。
初号機は折れた左腕を瞬時に再生させ、使徒のATフィールドを素手で力ずくでこじ開けて中和し、サキエルを徹底的に殴打する。追い詰められた使徒は最後に初号機へ抱きつき、十字型の巨大な爆発とともに自爆する。爆煙の中から、傷一つない初号機が咆哮を上げて姿を現し、第3使徒は殲滅される。
場面は一転、シンジが目を覚ます。見上げた先にあるのは記憶にない天井——「見知らぬ天井だ」という独白が、このサブタイトルの由来となっている。彼はNERVの病院のベッドにおり、自分があの戦闘をどう終わらせたのか、勝ったという実感も結末の記憶も持っていない。戦いの後の、奇妙な空白から物語は再開する。
NERV本部では、リツコやミサト、そして父・碇ゲンドウらが戦闘の結果と初号機の「暴走」について議論する。パイロットの意志を離れてエヴァが単独で行動した事実は、勝利の裏で不穏な謎として残される。一方で、保護者のいないシンジの今後の住居が事務的に問題となり、彼は当初一人で生活するよう割り当てられていたことが示される。
シンジが一人暮らしを命じられたと知ったミサトは、それを良しとせず、自分のもとで彼を引き取ることを決める。車の中での距離感の探り合いを経て、二人はミサトの自宅マンションへと向かう。父にも他人にも放っておかれてきたシンジにとって、これが他者と暮らす生活の始まりとなる。
たどり着いたミサトの部屋は、ビールの空き缶やインスタント食品の容器が散乱した、ひどく散らかった住まいだった。ミサトは「おかえりなさい」とシンジを家族のように迎え入れる。夕食では大量のビールをあおって陽気に騒ぐミサトの横で、温水ペンギンのペンペンが冷蔵庫から現れ、戸惑うシンジを驚かせる。
食卓の場面では、ミサトがシンジの戦いぶりを率直にねぎらい、褒める。誰からも認められた経験のないシンジにとって、その言葉と、賑やかで人のいる食卓は新鮮で居心地の悪い温もりだった。父に呼び出され、戦い、傷つき、見知らぬ天井の下で目覚めた少年が、ミサトという他者とのぎこちない共同生活へ踏み出すところで第弐話は幕を閉じる。
